1899（明治32）年の水先法によって水先人組合を設立して以来、各組合はそれぞれ業務を行っていました。しかし、全国的な連携がなかったことから、1929（昭和4）年に全国組織結成の動きが強まりました。

その当時は、1899（明治32）年法制定当時の4水先区・水先人総数23名から、11水先区・水先人総数52名と規模もやや拡大されていました。

そして同年末、各水先区の代表が、全国組織の具体化について協議し、1930（昭和5）年7月5日、「日本水先人協会（任意）」が結成されました。

1962（昭和37）年7月、「水先」という言葉は馴染みが薄いことから、国際的な名称である「PILOT」を採用して「日本パイロット協会」と改名され、1964（昭和39）年5月1日、社団法人として新たにスタートしました。

近年における日本人船員の減少に伴う水先人後継者不足の到来、港湾の国際競争力強化のためのコスト低減要請、船舶交通の安全確保、海洋環境保全への意識の高まりなど、水先を取り巻く社会情勢の変化に的確に対応するため、2006（平成18）年5月17日、水先制度の大幅な改革を内容とする改正水先法が公布され、2007（平成19）年4月1日から施行されました。この新たな水先法により全国の水先人会は法人化され、これら法人水先人会により「日本水先人会連合会」が、2007（平成19）年4月3日に設立されました。